如果已经发了聘用通知并提供了录用意向，但是在体检过程中应聘者未能通过，可能需要考虑以下几个方面：

首先，你应该仔细检查与候选人签订的劳动合同或录用信，并核实是否包含有关体检不通过导致违约的条款。许多合同会规定违约金或其他救济措施，以保障企业的权益。如果合同中确实有相关条款，你可以按照约定进行处理。

然而，如果合同中没有明确规定违约金的数额或方式，或者存在模糊的条款，你可能需要采取以下措施：

协商解决：与应聘者进行积极的沟通和协商是解决此类问题的首要选择。双方可以坐下来，就违约金的数额、支付方式以及减免或延期支付等事宜进行谈判。在协商过程中，要尽量遵循法律法规，并尊重对方的权益和立场，寻求双方都能接受的解决方案。

法律咨询：如果协商无果，或者你需要更具体的法律建议，那么寻求专业的劳动法律顾问或律师的帮助是一个不错的选择。他们可以根据当地法律法规和具体情况，为你提供相关合规建议，并帮助你制定明晰的合同条款和解决方案。

重新招聘：如果应聘者无法通过体检导致违约，你可能需要重新启动招聘流程，寻找其他符合要求的候选人。在此过程中，确保加强对应聘者的健康状况的评估，并严格遵守反歧视等法律法规，以确保公平招聘和合规运作。

需要注意的是，在处理此类问题时，要遵守相关法律法规，遵循诚信、公平和公正的原则。尽量与应聘者进行积极的沟通和协商，以达成双方都能接受的解决方案。最好咨询专业的法律顾问，以确保你的权益和合同的合规性。

总之，如何处理体检不通过导致的违约问题需要根据具体情况进行判断和决策。建议在处理过程中谨慎行事，确保法律合规和公平公正原则的实施，并与专业人士咨询以获得具体的法律建议和指导。